Fakultātē studijas notiek divās doktora līmeņa progrmmās. No tām viena nodrošina zinātniskās kvalifikācijas iegūšanu astronomijas, fizikas vai mehānikas zinātnes apakšnozarēs, bet otra sagatavo augsti kvalificētus speciālistus matemātikā un lietišķajā matemātikā. Savukārt doktora līmeņa studiju programma "Daļiņu fizika un paātrinātāju tehnoloģijas" ir kopīga LU un RTU studiju programma.
- Datorzinātnes un matemātika: apakšprogramma Matemātika
- Dabaszinātnes: Fizika, astronomija un mehānika
- Daļiņu fizika un paātrinātāju tehnoloģijas (LU un RTU kopīga)*
*Studiju programma ir iesniegta kārtējai akreditācijai, pēc akreditācijas (jūlijā/augustā) plānota studiju programmas nosaukuma maiņa un var tikt precizēti daži studiju programmas parametri.
Fakultātē darbojas viena doktorantūras skola: